Nhiệm kỳ 2022 - 2024, cơ cấu tổ chức của Đoàn trường Cao đẳng Giao thông vận tải bao gồm 6 Đoàn Khoa, 96 cơ sở trực thuộc Đoàn Khoa và 02 chi đoàn trực thuộc:
I. CÁC CƠ SỞ ĐOÀN KHOA
1. Đoàn khoa Công nghệ thông tin
2. Đoàn khoa Kinh tế
3. Đoàn khoa Kỹ Thuật Ô tô Năm 1
4. Đoàn khoa Kỹ Thuật Ô tô Năm 2
5. Đoàn khoa Kỹ Thuật Xây Dựng
6. Đoàn khoa Kỹ Thuật Điện - Điện Tử
II. CÁC CHI ĐOÀN CƠ SỞ:
1. Chi Đoàn Giáo viên - Cơ sở 1
2. Chi Đoàn Giáo viên - Cơ sở 2